フィリピンに勢力を浸透させているISも、アジア太平洋地域における大きな軍事的脅威の1つと言える。
フィリピン南部に勢力を張り巡らせているアブ・サヤフ（イスラム原理主義組織）の指導者の1人であるイスニロン・ハピロンは、昨年、ISの東南アジア指揮官に指名されている。（今年の5月から6月にかけて）ミンダナオ島のマラウィ市におけるフィリピン軍治安部隊（アメリカ軍特殊部隊も支援していた）とアブ・サヤフの武力衝突は、東南アジア地域において発生したISの影響を受けた武装勢力による戦闘としては最大規模のものであった。
マラウィ市での戦闘は、外国から流入したISのイデオロギーや戦闘資源やノウハウが地元出身者の間にも浸透し、東南アジアにも拡散しつつあることを物語っている。
ISのような暴力的過激組織の勢力の伸張を防ぐためには、国際協力が必要不可欠である。このようなIS打倒のための国際連携に日本は貢献している。たとえば、日本がフィリピンに供与した巡視船や海洋哨戒機などは有用だ。アメリカも、新型哨戒機をフィリピンに提供し、それらはミンダナオ島やスールー諸島での対IS作戦に貢献している。
このような二国間（日本とフィリピン、アメリカとフィリピン）の協力も大切だが、それ以上に効果的なのは多国籍間の協働（共通の目的に向けての協力）である。最近実施されたアメリカ、日本、オーストラリア、そしてインドによる合同軍事演習は、批判を加える勢力もあるが、民主主義という共通の価値を分かち合って集結する安全保障協力関係の構築努力と言える。
